在一张古老而又神秘的地图上，记载了传说中未曾有人见到过的特异精灵，这张地图的现身，在宇宙中掀起了一场腥风血雨。平凡的机械师小墨（杨欧 配音），在误打误撞之中被卷入了宇宙海盗美利图（杨梦露 配音）一手策划的阴谋之中，遭到了对手的俘虏，赛尔号陷入了前所未有的危急情境之中。 懦弱胆小的播音员乔森（杨海音 配音）、自吹自擂的厨师老汪（刘钦 配音），小墨必须和这些看似非常不靠谱的同伴们结成同盟，对抗强大而邪恶的银河美利图军团，他们的存在，成为了赛尔号的最后一层防卫。最终，平凡的小人物们是否能够凭借着他们的智慧和勇气，打败邪恶，传播正义呢？

2100年地球能源已接近枯竭，环境污染日趋严重。为了实现地外星系探索计划，人类制造了名为赛尔的机器人，并建造能源探索飞船赛尔号。在宇宙探索过程中，他们还发现了外星精灵，这些精灵们成为了赛尔机器人探寻新能源的重要帮手和伙伴。而以宇宙海盗欧比组织为首的邪恶势力正在肆意掠夺宇宙资源，为了挫败他们的阴谋，英勇的赛尔们和正义的精灵伙伴们一起为守护宇宙和平而战……

　一张古老的星际地图，上面标记着精灵图鉴上所未知的特异精灵，吸引了两艘赛尔号飞船。 小墨是赛尔号飞船上一名小小的机械师，并不热衷于星际探险和通过战斗收集精灵；但机缘巧合之下他成却为了拯救赛尔号的英雄…… 罗杰船长为了寻找传说中的特异精灵，无意中发现了一艘全部漆成黑色的赛尔号；打算把特异精灵"拍成"照片的黑色赛尔号利用可复制任何能力无限分裂的机械精灵击败了拍照片的赛尔号，所有的战士包括传奇精灵"雷伊"和舰长罗杰都成为了海盗美利图的俘虏。 宇宙海盗势力浮出水面，佐格和艾里逊现身，又是接受了谁的指使？当赛尔号飞船陷入绝境之时，雷伊挺身而出，他能否击退黑暗势力的来袭？传说中的"神兽"精灵，到底是何方神圣？ 沉默的机械师、胆小的播音员还有爱出风头的厨师加上他们只擅长逃跑的三大"神兽精灵"为了回家结成了联盟。划拳决定的领袖天才机械师小墨成了赛尔号的新舰长，山寨商人处买来的半残摩托车成了小飞船，只顾自己逃命的神兽精灵击败了战无不胜的机械精灵，他们甚至穿过了黑洞，见到了特异精灵--凤凰。 然而美利图和他的手下在黑洞分子重组而成终极力量的精灵，终极对决下，美利图再一次失败了。